En las elecciones parlamentarias de 2017 fue electo diputado en la lista Convergencia Democrática por el Partido Demócrata Cristiano, 27º Distrito, XI Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo (Aysén, Chile Chico, Cisnes, Cochrane, Coyhaique, Guaitecas, Lago Verde, O’Higgins, Río Ibáñez, Tortel), período 2018-2022. Obtuvo 8728 votos correspondientes a un 24,96% de los sufragios válidamente emitidos.
En noviembre de 2021 fue reelecto diputado pro la región de Asyén en el Nuevo Pacto Social y en el cupo del Partido Demócrata Cristiano, con la primera mayoría tras obtener 9.738 votos, correspondientes al 25,71% del total de los sufragios válidos. Convirtiéndose proporcionalmente en la tercera mayoría nacional de la Cámara de Diputados.
El 13 de noviembre de 2022 anunció su renuncia al PDC debido a diferencias con su directiva.1 Días antes fue candidato a la presidencia de la Cámara de Diputados, recibiendo el respaldo de la derecha y de solo una parte de la bancada demócratacristiana,8 siendo derrotado por Vlado Mirosevic.9 En enero de 2023 se incorporó al partido en formación Demócratas.
En su segundo periodo parlamentario (2022-2026) integra las comisiones permanentes de Constitución, Legislación, Justicia y Reglamento; Economía, Fomento; Micro, Pequeña y Mediana Empresa; Protección de los Consumidores y Turismo; y Pesca, Acuicultura e Intereses Marítimos. Destaca su participación en la tramitación del proyecto que «Crea el Servicio Nacional de Reinserción Social Juvenil e introduce modificaciones a la ley N° 20.084, sobre responsabilidad penal de adolescentes, y a otras normas que indica».
Entre los principales proyectos presentados por el diputado Miguel Ángel Calisto, resaltan aquellos que buscan terminar con el abuso de las aerolíneas (11), una iniciativa que permite regular los precios de la energía eléctrica, que permitirían bajarlos en la región de Aysén, y aquel que exige a las empresas pesqueras y acuícolas que retiren del lugar de sus operaciones los residuos plásticos. Del mismo modo, ha dedicado su trabajo territorial a beneficios educacionales con mayores becas y avances en materia de salud como la gestión de avión ambulancia para las personas zona sur de Aysen (12)
En el mes de abril del 2021 el diputado DC Miguel Ángel Calisto presentó un oficio ante la Fiscalía Nacional Económica para que investiguen una posible colusión de las compañías de gas. La presentación fue respaldada por los diputados Manuel Matta, Jorge Sabag, Joanna Pérez e Iván Flores. El requerimiento solicitó que “la Fiscalía Nacional Económica inicie una investigación sobre si el alza del precio en la distribución del gas licuado de petróleo, de carácter residencial, se debe a una potencial colusión entre las empresas distribuidoras”.
La Fiscalía Nacional Económica acoge el requerimiento y señala que el precio de venta al público de cada cilindro de gas licuado debiese disminuir alrededor de 15% y que el precio del gas natural que pagan los clientes de Metrogas debiese bajar entre 13% y 20%. “este estudio confirma que el mercado del gas no es suficientemente competitivo y nuestras recomendaciones buscan que esta situación cambie lo antes posible en beneficio de los consumidores, porque estamos convencidos de que los precios pueden ser significativamente menores a futuro si se ajusta la regulación”.
Ha presentado y patrocinado cerca de 150 proyectos de ley en distintas materias y más de 600 oficios de fiscalización.